6月16日起，北京市突发公共卫生应急响应等级由三级上调至二级，出入京交通运载工具的数量和频次也开始逐步削减。北京市政府副秘书长陈蓓宣布，所有人员“非必要不出京”，确需离京的，需持7日核酸检测证明。
受疫情影响，近期出入京交通受到一定程度管控，截至发稿前：公路方面，网约车出京业务暂停，北京各客运站基本停开省际长途客运汽车，其他省区多城市也已停运进京班线；铁路方面，目前出入京客票仍可正常购买；航空方面，首都国际机场、大兴国际机场出港航班均大幅减少。
高速公路未受影响网传封闭系谣言
自6月16日晚北京应急响应级别升为二级后，随即有“北京多条高速公路双向封闭”的消息在网络上开始传播。经核实，谣传的截图是人为加工的图片，原微博为年2月15日北京高速路路况的“旧闻”，内容完全和网传图片信息一致。
北京首发集团和交管部门表示，目前没有道路因疫情受到管控。首发集团负责人称，封路由交管部门负责，如果确有封路措施，交管部门或交通委会肯定会发布通知。交管部门也称，未收到进京道路封闭的消息。
出租车、网约车出京业务暂停
6月15日，北京市交通委通知，为做好新冠肺炎疫情防控工作，阻断疫情通过出租车（含网约车）、顺风车传播，暂停北京出租车（含巡游车、网约车）、顺风车出京运营业务。根据要求，各出租车和网约车平台企业、顺风车平台、驾驶员要严格落实“四方责任”，做好疫情防护防控工作，暂停出京运营业务。各区交通运输管理部门、交通执法部门加强监管和执法检查，交通信息中心做好监测工作，对违反规定的，依法从快严肃处理。
该通知自6月15日起实施，此前发布的《北京市交通委员会关于恢复本市出租车（含巡游车、网约车）顺风车出京运营业务的通知》同时废止，恢复出京运营业务时间另行通知。
省际长途客运大幅削减
自6月16日开始，河北、山东、山西、天津等地大部分城市即宣布停运开往北京客运班车。6月17日上午，中国经营网记者致电北京多个省际客运站获悉，省际客运班线客流明显减少，北京市各省际客运站相继收到进站客运企业暂停进出京班线运营的申请，部分省际客运线路停运，班线恢复运营时间，依照进站企业恢复运营时间确定。
北京省际客运信息网刊载的数据显示，受北京新发地聚集性疫情影响，6月13日，新发地长途客运站已经停运。近两日，从六里桥长途汽车站出发的客运班线大部分也已停运。6月16日，四惠长途汽车站发布公告，宣布自6月17日起暂停省际班线运营。八王坟长途客运站省际线路仅剩北京至辽宁朝阳市班线客车，6月18日运营最后一班北京至朝阳市客运班线后，将无省际客运班线运营。永定门客运站发布公告，自6月17日11时起，无省际客运班线进站运营。6月17日，赵公口长途客运站发往山东的班线全部停运，工作人员表示“前往河北我们这就是剩余10趟车了，其余40多班都停掉了，省际汽车每天都有停班的。”
铁路未受影响出入京列车免费退票措施现已公布
铁路方面，目前出入京客票仍可正常购买，且无需提供核酸检测证明。为配合北京市做好应急响应级别由三级提升到二级的疫情防控工作，铁路部门决定，自6月17日0时起，旅客在车站、网站等各渠道，办理6月16日24时前已购的进出北京地区各次列车有效车票退票时，均不收取退票手续费，购买铁路乘意险的一同办理。
出京航班大量取消航司或入“冰河期”
受北京疫情管控影响，首都机场和大兴计划出港航班出现大面积取消情况。飞友科技数据显示，6月17日北京首都机场计划进港航班架次，取消（含可能取消）架次，取消率为52%；计划出港航班架次，取消（含可能取消）架次，取消率为46%。大兴机场计划进港航班架次，取消（含可能取消）架次，取消率为55%；计划出港航班架次，取消（含可能取消）架次，取消率为60%。
目前，大部分航线已执行最新的出京政策，即旅客须持有7日内核酸检测阴性报告才能登机。据统计，全国有多个省份发布对来自北京的人员管控政策，这使得此前购买出京航班的乘客面临退票的问题。国航、南航、海航、中联航等多个航空公司已经推出针对北京进港或出港退票政策。
民航专家綦琦接受媒体采访时表示，北京疫情防控升级，人口流动受到多地省市管控，客运航班大面积取消是意料之中。民航资深人士林智杰接受采访时说：“北京疫情反复对民航业带来新的冲击，前几日北京航班量已环比下滑20%左右，今天防控措施升级，出京都要核酸证明，预计航班量还要再下滑20%以上。”中国民航局工作人员侯奕男表示，“受北京疫情防控形势和政策影响，进出京旅客有所减少，所以北京两大机场进出港航班有取消。未来航班出入京的政策和规定，需要根据疫情防控情况进一步核实确认。”